酶蛋白定向进化改造

酶蛋白定向进化改造服务介绍

1 产品概述

利用客户提供的酶蛋白和配体化合物定向进化酶蛋白，以达到提高酶和化合物亲和力的目的。该研究通过定向进化技术突破了传统蛋白质工程的限制，在医药、工业、环保等领域展现出巨大潜力。

2 产品服务流程

    2.1 复合体构建

利用AlphaFold3对诱饵蛋白进行三维模型构建，利用PubChem网站下载底物化合物的三维结构，使用Diffdock预测蛋白和化合物的结合构象并形成复合体用于蛋白化合物定向进化。

    2.2 定向改造

使用确定好诱饵蛋白和化合物的结合构象之后使用ligandMPNN优化酶蛋白氨基酸提高和配体的亲和力，优化300条氨基酸序列作为备选

    2.3 三维模型构建

对于改造后的蛋白序列，使用OmegaFold进行三维模型构建，建模完成后，使用pymol对原蛋白和改造后的蛋白进行结构比对，当比较两个蛋白质结构时，若其结构比对的均方根偏差（Root Mean Square Deviation, RMSD）小于2Å，通常可认为它们具有高度相似的三维构象，并可视为同一蛋白质的结构表征。

    2.4 酶蛋白亲和力评估

使用UniKP软件预测改造后酶蛋白与底物的Km值（米氏常数，表示酶达到一半最大反应速率时所需的底物浓度）；Kcat值（酶的周转数，单位为/S，表示每秒钟每个酶分子能催化的底物分子数量）；Kcat/Km值（催化效率，表示酶在稀释底物浓度下的催化效率，是酶的专一性常数）。

3 拟交付结果